Шахтные сушилки готовят к работе примерно так же, как и барабанные. После розжига топки шахту сушилки загружают сырым зерном. Установкой переключателя в положение «загрузка» включают электродвигатели и загрузочные нории шахт. При этом вентиляторы и разгрузочные каретки не включаются. Загрузка происходит до тех пор, пока излишки материала не начнут высыпаться.

После окончания загрузки переключатель устанавливают в положение «работа». Сушилку прогревают 10—15 мин при сушке семенного зерна и 25—30 мин — при сушке продовольственного. Температуру теплоносителя поддерживают на 15—20 °С ниже допустимой для данной культуры.

Чтобы обрабатываемый материал не перегревался в сушильной камере, каждые 8—10 мин небольшими порциями его выпускают разгрузочным устройством и возвращают обратно через охладительные колонки в сушилку. Первую партию зерна (не менее половины вместимости сушилки) вторично пропускают через нее. После прогрева сушилки переходят на нормальный режим работы. Материал из охладительных колонок направляют в норию, подающую его в очистительные машины.

В процессе работы регулируют заслонки норий, скорость движения теплоносителя и холодного воздуха. Заслонки в засыпных ковшах норий устанавливают так, чтобы по зерносливам небольшие излишки зерна стекали обратно. Скорость движения теплоносителя и воздуха регулируют дроссельной заслонкой вентилятора. Температуру теплоносителя контролируют через каждые 20— 30 мин.

Температуру нагрева зерна проверяют периодически отбором проб в трех-четырех местах нижнего ряда коробов сушильной камеры со стороны подачи теплоносителя.

Пропускную способность сушилки регулируют изменением амплитуды колебаний каретки разгрузочного устройства в пределах 4—20 мм. Для регулировки оттягивают зубчатую муфту, поворачивают эксцентрик и устанавливают его соответствующим делением против отметки «0» на зубчатой муфте. Для остановки сушилок без выгрузки зерна (не более чем на сутки) прекращают подачу материала в ковши приемных норий. Включают разгрузочные устройства, электродвигатели норий, вентилятор топки и, наполовину прикрыв заслонки вентиляторов шахт, продувают зерно в течение 20 мин. Для очистки сушилки при переходе на сушку другой культуры или для консервации прекращают подачу сырого материала и около получаса пропускают сухой материал. Выключают топку, нории, разгрузочные механизмы и после этого продувают зерно холодным воздухом в течение 20 мин, наполовину закрыв заслонки вентиляторов шахт и охладительных колонок. Включают нории и разгрузочные механизмы и выпускают материал.